材料的选择直接决定了洁净室的性能和寿命。
围护结构（墙、顶、地）：
墙面：首选金属夹芯板（如岩棉、硫氧镁、铝蜂窝芯），其特点是表面光滑、不起尘、耐腐蚀、易清洁、气密性好。避免使用普通石膏板或涂料。
吊顶：必须承载高效过滤器FFU/送风口、灯具等，要求强度高、密封性好。同样采用金属吊顶板。
地面：常用PVC卷材地板或环氧树脂/聚氨酯自流平。要求耐磨、耐腐蚀、抗静电、无缝隙、易清洁。
特殊设计：
阴阳角处理：所有墙与墙、墙与地、墙与顶的交接处均应做成圆弧角（R角），避免死角，便于清洁。
门窗：洁净室门窗应具有良好的气密性，不应使用木制品。窗户通常采用双层玻璃固定窗或密闭性好的平开窗。门框与墙体的接缝处必须密封处理。
