一个功能完善的微生物实验室通常包括以下逻辑分区，它们在物理或气流上应有分隔：
| 分区 | 核心功能 | 生物安全与洁净度要求 | 关键设施与设备 |
|---|---|---|---|
| 1. 清洁区 | 办公室、会议室、休息室、培养基/试剂仓库。 | 普通环境，无特殊净化要求。 | 办公设施、仓储柜。 |
| 2. 缓冲区（准清洁区） | 更衣室、淋浴间（BSL-2常设）、实验准备区（培养基配制、器皿清洗消毒后存放）。 | 正压。环境清洁，接近十万级（ISO 8），防止外部污染物进入核心区。 | 更衣柜、化学品安全柜、洗眼器、培养基制备用超净工作台。 |
| 3. 核心实验/污染区 | 样品处理、接种、培养、鉴定、药敏试验等所有涉及活菌操作的区域。 | 负压或常压（具体看设计）。需根据操作划分不同级别的子区。 | 生物安全柜（核心设备）、培养箱、冰箱、显微镜、自动化鉴定仪。 |
| 4. 高压灭菌与污物处理区 | 实验废弃物（含菌平板、试管、利器）的就地灭活、暂存。 | 常压或微负压，独立通风。必须与清洁区严格分开。 | 双扉高压灭菌器（一面对着污染区，一面对着清洁区外）、污物暂存容器。 |
